工作機械製作会社が破産する場合、メンテナンス用に保管していたパーツ類はどうすればいいでしょうか

まず、基本的には破産管財人に引継するため、そのまま保管してください。
そして、破産手続開始決定後は、破産管財人が各パーツを売却することになるのですが、一つ一つのパーツを個別に売却するというのは、費用対効果の観点から現実的ではなく、まとめて売却することが多いといえます。

したがって、事実上、特定の会社が全てのパーツ類を買取するということが多いといえます。
なお、メンテナンス用部品等については、従前、破産会社との取引があった納品先からの問い合わせが相次ぐということがありますが、売却がなされていればその売却先に問い合わせをしてもらうことになります。